一、立案侦查证据丢失怎么办?
可以再次调查取证处理，并追究相关人员的法律责任。人民法院、检察院、公安机关对立案材料审查后，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案。并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。
二、对立案材料的接受
1、公安机关、检察院和人民法院对于报案、控告、举报和自首，都应当接受。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人;对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。
“紧急措施”是指保护现场、依法先行拘留嫌疑人、扣押证据等。
特别关注：法院对于不属于自己管辖的报案、控告、举报和自首，也应当接受。
2、报案、控告和举报可以用书面或口头形式提出。接受口头报案、控告和举报的工作人员，应当写成笔录，经宣读无误后，由报案人、控告人、举报人签名或者盖章。
3、接受控告、举报的工作人员应当向控告人、举报人说明诬告应负的法律责任。但是，只要不是捏造事实，伪造证据，即使控告、举报的事实有出入，甚至是错告，也要和诬告严格加以区别。
4、公检法机关应当保障报案人、控告人、举报人及其近亲属的安全。报案人、控告人、举报人如果不愿公开自己的姓名和报案、控告、举报的行为，应当为他保守秘密。
特别关注：如果报案人、举报人等在法庭上作为证人出庭时，则不能对其姓名等保密。
立案侦查是司法审理程序的基础，但立案也是需要符合相关条件的，最后的判决还需要基于实际掌握的证据来处理，在证据丢失的情况下是不可以判决处理的，如果对相关情况的认定不清楚的，可以聘请律师业进行合法的界定。